Отдел образован как самостоятельное подразделение в 1995 г., в него вошел аппарат ученого секретаря. Его руководителем стал ученый секретарь к.ф.-м.н. О.А.Туманов. В настоящее время ученым секретарем является к.ф.-м.н. Е.Б.Перминов. В отделе работают: референт дирекции В.М.Перкова, помощник ученого секретаря А.В.Летохова, зав. канцелярией Г.Т.Шевченко, патентовед В.Н.Солянкина, работники участка множительной техники И.А.Яшин и Р.З.Нарышкина.

Основная задача отдела - организационное обеспечение научных исследований Института, в том числе:

- подготовка заседаний и ведение документации Ученого совета;

- подготовка планов научных работ Института и отчетов по выполненным работам;

- организация конкурсов научных работ;

- планирование международных связей Института и отчетность по ним, оформление выездных дел сотрудников, прием иностранных ученых и специалистов.

Отдел курирует работу научной библиотеки (заведующая - А.Н.Макарова, сотрудницы - З.Н.Назарова, Е.А.Николаева).

Библиотека располагает фондом 58600 печ.ед., включающим в себя 12150 отечественных и иностранных книг по оптике и спектроскопии и некоторым смежным вопросам, 4500 периодических изданий (36 российских и 120 иностранных наименований журналов), а также фонд малотиражных изданий (диссертации, авторефераты, препринты и т.д.). В состав фонда частично вошли книжные собрания А.С.Боровика-Романова, Г.С.Ландсберга, Л.И.Мандельштама, С.Л.Мандельштама, Э.В.Шпольского, переданные их семьями.

В настоящее время библиотека получает 24 российских и 33 наименований иностранных научных журналов. 

Библиотека имеет выход в Internet и пять действующих баз данных : “Current Contents (PCES)”, “Труды сотрудников Института спектроскопии”, “Книги по оптике и спектроскопии”, “Fullerenes“, “Surface Science“ для оперативного пользования.

В журнале “Оптика и спектроскопия” один раз в 2 года выпускается библиография “Книги по оптике и спектроскопии” под редакцией В.Б.Белянина, которую готовит А.Н.Макарова.

При библиотеке создан Библиотечный совет в составе: Ю.Е.Лозовик - председатель, В.Г.Колошников, Е.А.Рябов, А.Н.Рябцев, О.А.Туманов и А.Н.Макарова, который регулярно обсуждает политику подписки и нужды библиотеки. На Ученом совете раз в год заслушивается отчет о работе библиотеки.

Множительный участок Института имеет современное копировальное оборудование и обеспечивает копирование материалов для библиотеки, научных сотрудников и различных служб в объеме 7-10 тыс. страниц копий в месяц.

Отдел также курирует работы по функционированию и модернизации единой компьютерной сети Института (Д.В.Серебряков). Сеть Института построена на базе Ethernet UTP. К клиентским машинам подведены линии 10 Мбит, сервер и два коммутатора работают на скоростях 100 Мбит. Подключение к городской сети выполнено с помощью одномодового оптоволокна на скорости 100 Мбит. В настоящее время к сети подключено150 машин. Объем дискового пространства на сервере - 200 Гбайт. В результате более 100 научных сотрудников Института имеют возможность прямого выхода в сеть “Internet” и знакомства с текущей научной информацией. 

Отдел проводит большую работу по художественному оформлению материалов для различных выставок, семинаров и конференций, которые проводятся в конференц-зале Института.

Конференц-зал (на 145 человек) имеет хорошую акустику, оснащен современной проекционной техникой, в нем регулярно проводятся общие собрания сотрудников, заседания Ученых советов, конференции по конкурсу научных работ, общеинститутские (руководитель семинара - В.Г.Колошников) и лабораторные семинары. Наличие большого фойе позволяет организовывать там выставки, размещать стендовые доклады, устраивать перерывы на чай и кофе во время больших заседаний. 

В Институте ведется подготовка научных и научно-педагогических кадров по двум направлениям: аспирантура (основная форма планомерной подготовки научных кадров) и соискательство ученых степеней вне аспирантуры. Эту работу организует В.М.Перкова.

За последние 5 лет  в плановой очной аспирантуре ИСАН проходили подготовку 16 аспирантов и 7 соискателей по трем специальностям: “Оптика”(01.04.05), “Теоретическая физика” (01.04.02) и “Физика конденсированного состояния” (01.04.07). 

4 аспиранта и 3 соискателя ученой степени успешно защитили кандидатские диссертации. Руководство аспирантами осуществляли доктора наук (4 чел.) и кандидаты наук (4 чел.) - в основном руководители научных направлений (подразделений).